Das sind aber auch zwei unterschiedliche Quellen. Und dass Du z.B. MP3s oder irgendwelche Videos mit Ton abspielen kannst, ist kein Beweis dafür, dass das Kabel vom CD-Laufwerk zur Soundkarte da ist...
Aber abgesehen davon - mach mal in einer Shell
mixerctl -a | grep input und guck nach, ob bei...